Protel99SE提供了模擬/數字混合仿真，其仿真引擎使用伯克利分校的SPICE3f5/xspice，它可以精確的仿真由各種元器件構成的電路。對于復雜的數字器件，Protel99SE允許使用一種特殊的描述性語言(Digital SimCode),設計者可通過它建立相應的數字器件模型，以供Protel99SE仿真使用。它所執行的分析功能有：

(1)靜態工作點分析(Operating Point):
靜態工作點分析可用于分析直流穩態電路和交流放大電路的靜態工作點。選擇合適的靜態工作點是交流放大電路進行正常工作的前提。

(2)直流掃描分析(DCS)：
直流掃描分析是直流轉移特性分析，允許設置兩個掃描變量，通常第一個掃描變量(主獨立源)所覆蓋的區間是內循環，第二個掃描變量(次獨立源)掃描區間為外循環。

(3)交流小信號分析(AC Small Signal):
交流小信號分析是一種線性領域分析，仿真程序將首先分析計算電路的直流工作點，以確定電路中非線性元件的線性化模型參數，然后在設計者指定的頻率范圍內，對變換后的線性化電路進行頻率掃描分析。

(4)瞬態分析(Transient Analysis):
瞬態分析是一種非線性時域分析方法，它可以在給定激勵信號(或無任何激勵)的條件下，計算電路的時域響應。它類似于利用示波器觀察各節點電壓或電流的波形。瞬態分析時，電路的初始狀態允許設計者自行指定。

(5)溫度掃描分析(Temperature Sweep):
溫度掃描分析是指在一定溫度范圍內進行電路參數計算，從而確定溫度漂移等性能指標。它不能單獨使用，必須在瞬態分析、直流掃描分析或交流小信號分析時，才允許使用溫度掃描分析。

(6)傅立葉分析(Fourier Analysis):
傅立葉分析是在大信號正弦瞬態分析時，對輸出的最后一個周期波形進行諧波分析。一個周期為T的函數g(t).

(7)噪聲分析(NOISE)：
噪聲分析可通過繪制噪聲譜密度圖，以確定電阻噪聲和半導體噪聲對噪聲特性的影響。噪聲譜密度按每赫茲噪聲強度繪制，系統能夠計算下列噪聲：輸入噪聲、輸出噪聲和器件噪聲。

(8)傳遞函數分析(Transfer Function)：
傳遞函數分析是在直流工作點的基礎上，在電路直流偏置附近將電路線性化，從而計算電路的輸入阻抗，輸出阻抗以及直流增益。

(9)蒙特卡羅分析(Monte Carlo)：
蒙特卡羅分析是一種統計模擬方式，它是在給定電路元器件參數容差的統計分布規律的條件下，用一組組偽隨機數求得元件參數的隨機抽樣序列。對這些隨機抽樣的電路進行直流、交流小信號、瞬態分析，并通過多次分析的結果估算出電路性能的統計分布規律以及電路的合格率、成本等等。

(10)參數掃描分析(Parameter Sweep):
參數掃描分析允許設計者在指定的范圍內，以自定義的增幅掃描元件的參數值，它可以與其它分析方法配合起來使用，對電路所執行的分析進行參數掃描，對于研究電路參數變化對電路特性的影響提供了很大的方便。

另外，Protel99SE還可以方便對波形進行多種函數運算，如：求平方、正弦、對數、導數、反相等。